Supongo que te refieres a que las revoluciones están por encima de los 2k, si estuvieran por encima de los 20k creo que tendrías otro tipo de ruido en el vano motor.
Por la descripción parece que tienes un sincro dañado, sobre todo si ocurre cuando bajas a 3ª. La subida de marchas no debería hacer tanto ruido, pero si el sincronizador está realmente estropeado (como sugiere tu descripción, dado que ha ido empeorando con el tiempo), también tendrás el ruido al subir de marchas.
Prácticamente la única manera de solucionarlo es desmontar la caja de cambios y sustituirla por una revisada o desmontarla y sustituir los sincronizadores. También puedes esperar que no hayas dañado/desgastado ningún engranaje en sí, eso hará que la reparación sea aún más cara. Como probablemente ya puedes adivinar, no va a ser una reparación barata.
Mientras tanto, te sugiero que hagas un doble desembrague y un ajuste de las revoluciones en las bajadas (es decir, embrague -> caja en punto muerto -> acelerador -> embrague y pasar a una marcha inferior) y que utilices subidas más lentas para alargar la vida de la caja de cambios hasta que puedas arreglarla. No tiene sentido intentar cambiar de marcha lo más rápido posible (incluso en un circuito de carreras, la ganancia es mínima) pero es muy duro para la caja.