La única bomba que funciona sería para el sistema ABS. Si usted está tratando de sangrar ese sistema (ABS) tendría que hacer que la bomba funcione, si sólo está sangrando los frenos de base no necesitaría que la bomba funcione.
Por ejemplo, si ha cambiado una pinza y necesita purgar los frenos, no necesita hacer funcionar la bomba. Sin embargo, si se cambiara el modulador del ABS, sería necesario poner en marcha la bomba y realizar algunos pasos adicionales en el procedimiento de sangrado.
Para aclarar el comentario de @Ehryk.
Honda utiliza un motor ABS para presurizar el acumulador del sistema ABS. Los procedimientos de purga de fábrica para el sistema ABS y para la sustitución del líquido de frenos requieren que el motor funcione en puntos específicos del procedimiento de purga. Se puede hacer arrancando el motor y dejándolo funcionar durante un minuto o conectando un ordenador al coche y ordenando al motor que funcione.
Aquí hay un enlace a un video en Youtube que explica el procedimiento.
Más información aquí aunque es para un modelo de coche anterior. Creo que el 2003 tiene el motor montado directamente en el conjunto del modulador.