No se me ocurre ninguna razón por la que puedas dañar los aparatos electrónicos del coche, a menos que hayas tocado uno de los cables de arranque en algún lugar que no debas y hagas un cortocircuito con algo delicado o conectes los cables de nuevo al frente.
Conectarlos de nuevo al frente no debería dañar los aparatos electrónicos, ya que tu coche debería tener protección contra este tipo de cosas, pero es lo más importante que hay que comprobar, por si acaso.
Un ejemplo que se me ocurre podría ser: un estéreo de coche de repuesto puede no tener protección contra picos de tensión y puede estar conectado directamente a la batería, no a través del interruptor de encendido, por lo que conectarlo a 12v de forma incorrecta podría dañarlo. Más realistamente, podría quemar un fusible o un diodo.
Como se comenta más abajo, esto podría dañar las baterías - me refería puramente a la electrónica. Cuidado con las baterías :-)